En el año de 1987, en el mes de agosto se constituyó el patronato pro educación superior en el Municipio de Agua Prieta, por los señores José María Montaño Terán como presidente, el Sr. Francisco Felipe Abril Noriega como Tesorero, el Sr. Juan José Negrete Domínguez como Vocal. El Profr. Luis Tapia Arellano, el Ing. Oscar Acosta Velásquez, el Sr. Alberto Rojas Burrola y el Lic. Bernardino Meza Ortiz, Presidente Municipal de Agua Prieta en ese periodo; recorrieron poco más de 3,000 kilómetros en la búsqueda de difundir y reclutar a personas interesadas en estudiar una carrera a nivel superior, y así hacer los estudios correspondientes.
Iniciando sus labores en la Escuela Plan de Agua Prieta, con domicilio en Calle 4 Avenidas 9 y 10, donde el primer Coordinador fue el Ing. Mario Urquidez Gaspar, contando con una planta docente por apoyo voluntario de: Irma González, Jesús Elías Albarado, Juan Gerardo García Salazar, Octavio Hernández Ibarra, Roberto Othón B., Carlos Lamadrid, Francisco Javier Peralta Muñiz, Mario Zapata, además una Secretaria María Elena Delgado Rodríguez.
En el periodo de agosto a diciembre de 1988, el patronato apoyó con el pago del salario a los docentes y administrativos. En este periodo contamos con dos especialidades que son: Licenciatura en Informática e Ingeniería en Electrónica, iniciando con una población de 240 alumnos, con la apertura de 6 grupos, 4 de Informática y 2 de Electrónica.
Posteriormente para Agosto del mismo año la unidad se traslada al CBTis 81 a continuar sus actividades dado que es una Institución hermana del mismo subsistema, la planta crece hasta 17 maestros y 1 intendente.
En 1990 se cambia a los edificios de la unidad Agua Prieta, ubicados en calle 27 y Carretera Internacional, los cuales, fueron construidos en 1989; contando con 10 aulas y sanitarios para hombres y mujeres, y un área administrativa, siendo esta un edificio de 2 niveles y dos módulos de un nivel.
En 1991 deja de fungir como Coordinador el Ing. Mario Urquidez Gaspar.
De 1991 a 1993 toma el cargo de Coordinador el Lic. Octavio Hernández Ibarra, continuando con las mismas carreras, en 1992 se abre una nueva oferta educativa la carrera de Licenciatura en Contaduría.
De 1993 a 1994 toma el cargo el Ing. José Adalid Gutiérrez Camorlinga.
De 1994 al 11 de Marzo de 1997 el Lic. Lorenzo Martínez Guevara. Siendo este el último Coordinador de la Unidad, colaborando el Lic. Arturo Medina Borja jefe administrativo de esta unidad.
El Instituto Tecnológico de Agua Prieta, adquiere su clave de centro de trabajo a partir del 19 de agosto de 1996, según el oficio No. 229-2.4/4227.
En el mes de marzo de 1997, llega a la institución el primer director, Ing. Jorge Luis García Cantón, con nombramiento firmado por el Director General de Institutos Tecnológicos, Dr. Esteban Hernández Pérez; contando en esos momentos con una oferta educativa de 3 especialidades: Ingeniería Electrónica (51 Alumnos), Licenciatura en Contaduría (107 Alumnos), Licenciatura en Informática (44 Alumnos). Los 202 estudiantes estaban distribuidos del segundo al décimo semestre.
Del mes de marzo 2002 a junio 2006, la institución estaba a cargo de la dirección del Ing. Marco Antonio Parra Rivera.
De junio 2006 a diciembre 2007, el M.S. Domingo Trujillo Venegas, fue director del ITAP.
Para el periodo de julio 2008 a marzo 2010, el Ing. Francisco Javier Ortiz Serrano tuvo la encomienda de dirigir el instituto.
En marzo del 2010 llega como director del ITAP, el Dr. José Víctor García Castellanos, quien concluye su periodo en el mes de agosto del 2017. Logrando en 2016, la entrega de las escrituras de los terrenos de la Institución.
En agosto del 2017, llega al ITAP como encargada del despacho de dirección, la M.C. Ana Méndez Zazueta, quien recibe su nombramiento de directora en el mes de septiembre del mismo año.
En 2019, se logra la firma de escrituras de terreno de 15 hectáreas para el proyecto de centro de investigación.
En Febrero de 2023 llega como directora, la Dra. Mayra Karina Gálvez Díaz recibiendo su nombramiento el día 16 de febrero del mismo año.
En aras de fortalecer, no solo a la comunidad tecnológica, sino a la de la Sierra Alta de Sonora y Arizona, se gestiona la autorización de la carrera de Licenciatura en Administración en modalidad No escolarizada, lográndose la misma en Junio de 2023.
El ITAP oferta 8 carreras en modalidad escolarizada, una carrera al momento en modalidad mixta y una en modalidad No escolarizada.
Actualmente bajo el liderazgo de la Dra. Mayra Karina Gálvez Díaz, se gestiona el compacto que permitirá poder utilizar el edificio M, edificio de tres pisos con capacidad para 1050 estudiantes de diversas carreras y que vendrá a fortalecer nuestra oferta educativa.